Dengan kemajuan tekhnologi dan perkembangan ilmu pengetahuan, para ahli mengembangkan beberapa sistem klasifikasi makhluk hidup. Para ahli membagi makhluk hidup menjadi beberapa sistem kingdom, yaitu sebagai berikut.
a. Sistem dua kingdom
Sistem ini membagi makhluk hidup menjadi dua dunia, yaitu dunia hewan dan dunia tumbuhan. Dasar klasifikasi ini adalah ciri dan sifat tumbuhan yang mempunyai dinding sel keras seperti selulosa dan hewan yang mempunyai sifat dapat bergerak aktif, dan berpindah tempat.
b. Sistem tiga kingdom
Sistem ini mengelompokkan organisme menjadi tiga dunia, yaitu Plantae, Animalia dan Fungi. Sistem ini didasarkan pada cara memperoleh nutrisi. Plantae (tumbuhan) merupakan organisme yang dapat melakukan fotosintesis sehingga dapat memenuhi kebutuhan makan diri sendiri maka disebut organisme autotrop. Animalia sebagai fagotrop, yaitu organisme heterotrop yang menelan makanan berbentuk padat dan menggunakan senyawa organik sebagai sumber energinya. Fungi merupakan organisme heterotrofik dan saprofitik yang memperoleh nutrisi dari organisme yang telah mati. Bila fungi mengambil nutrisi dengan cara mengambil dari organisme hidup lain maka disebut parasitik.
c. Sistem empat kingdom
Sistem ini mengelompokkan organisme menjadi empat dunia, yaitu Plantae, Animalia, Fungi, dan Prokariotik. Prokariotik adalah organisme yang mempunyai inti, tetapi intinya tidak memiliki membran inti.
d. Sistem lima kingdom
R.H. Whittaker mengelompokkan organisme menjadi lima dunia berdasarkan tingkat organisme, kondisi inti sel, dan nutrisinya. Kelima dunia tersebut adalah sebagai berikut.
1) Kingdom Monera
Monera meliputi makhluk hidup yang sangat sederhana. Termasuk ke dalam kingdom ini adalah bakteri dan alga biru (Cyanophyta). Monera bersifat prokariotik, sel-selnya mempunyai nukleus atau inti sel yang tidak bermembran. Sel-selnya membelah secara sederhana, yaitu dengan amitosis. Kromosomnya tunggal dan berbentuk melingkar. Klorofil tersebar dan tidak terlindung oleh membran.
2) Kingdom Protista
Termasuk ke dalam kingdom ini adalah organisme yang bersel tunggal bersifat eukariotik. Eukariotik berarti inti sel-selnya telah bermembran, meliputi protozoa dan alga. Sistem klasifikasi ini dirintis oleh Ernst Haeckel (1834-1919)
3) Kingdom Mycota
Kingdom ini meliputi makhluk hidup yang tidak mempunyai klorofil, sehingga tidak dapat mensintesa makanan sendiri atau bersifat heterotrop, ada yang bersifat parasit, ada juga yang bersifat saprofit. Termasuk di dalamnya adalah berbagai jamur, seperti jamur merang, jamur kuping dan jamur oncom.
4) Kingdom Plantae
Kingdom ini meliputi makhluk hidup yang mampu melakukan fotosintesis, yaitu makhluk hidup yang mempunyai klorofil, sehingga dapat hidup tanpa mengambil energi dari organisme lain. Makhluk itu disebut organisme autotrop. Termasuk di dalamnya adalah Bryophyta, Pteridophyta, dan Spermatophyta.
5) Kingdom Animalia
Kingdom ini meliputi makhluk hidup eukariotik bersel banyak, bersifat heterotrop, meliputi Porifera, Platyhelminthes, Hydrozoa, Nematoda, Rotifera, Annelida, Molusca, Arthropoda, Echinodermata dan Chordata.
e. Sistem enam kingdom
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi mendorong ilmuwan untuk selalu mengembangkan hasil penelitian termasuk pengelompokan makhluk hidup menjadi enam kingdom. Sistem pengelompokan enam kingdom adalah Archaea (Eubacteria), Bacteria, Protista, Fungi, Plantae, dan Animalia. Kingdom Archea dan Bacteria mempunyai ciri-ciri antara lain, prokariotik, bahan genetik (DNA) tidak berstruktur dalam bentuk nukleus, DNA terdapat pada nuclear area (nukleoid), tidak mempunyai organel (organel tidak bermembran), umumnya lebih kecil dari sel eukariotik, kecuali bakteri Epulofosculum fishelsoni dan Thiomargarrita namimbiensis.
